Um trágico incêndio pôs fim ao Colégio do Caraça no dia 28 de maio de 1968. Às 3h da madrugada, um aluno, que dormia na enfermaria, sentiu o cheiro de fumaça e, mais que depressa, foi avisar o Padre disciplinário, que dormia no prédio do Colégio. Constatado o incêndio, provocado por um fogareiro elétrico deixado aceso na sala de encadernação, o Padre acordou os 90 alunos e fez que todos descessem. Os meninos ainda tiveram tempo e coragem de descer do terceiro andar, com cordas, uma imagem de Nossa Senhora das Graças, que ficava no dormitório. Muitos ainda se arriscaram, antes que o fogo dominasse tudo, a salvar 15.000 livros da grande biblioteca do Colégio, que tinha cerca de 50.000 livros.
O fogo, iniciado na sala de encadernação, passou logo para o Museu de História Natural, onde havia muito material inflamável, e para outros cômodos do primeiro andar, inclusive salas de aula. Indo para o segundo andar, o fogo atingiu o salão de estudos e o teatro, onde havia vestuários e cenários usados para as apresentações dos alunos. No terceiro andar, o fogo atingiu os dormitórios.

Quando os bombeiros chegaram pela manhã, depois da quase impossível subida, devido às dimensões dos caminhões, pela antiga estrada de terra, o fogo estava praticamente no rescaldo. A Igreja, ligada ao prédio do Colégio, foi preservada porque logo pensaram em tirar as telhas da sacristia para evitar a passagem do fogo.

Terminava ali, em cinzas, o célebre Colégio do Caraça, o mais importante e duradouro Colégio que o Brasil conhecera. Sua história a partir de então continuou sendo escrita, numa outra perspectiva, mas sempre como Casa de Peregrinação e Cultura, agora aliadas a um Turismo alternativo, formador de valores e no horizonte da ecologia e da preservação dos ecossistemas, desde o ecossistema humano, em suas relações e valores, até o ecossistema global, das relações da natureza com a sociedade, da fauna e da flora e dos seres humanos entre si.